El café especial generalmente se desarrolla por encima de los 1,300 msnm, debido a que la altura ejerce un efecto sobre las características del café, por algo los cafés denominados de altura han logrado premios a la Taza Excelencia. Tiene propiedades organolépticas muy exclusivas, como: Aroma, Acidez y Cuerpo. 

Los cafés orgánicos son considerados desde ya como cafés especiales.

Las variedades que se encuentran en la provincia de San Ignacio son Typica, Catimor y Caturra.